东京女子医科大学比较知名的是癌症治疗、心血管、移植医疗以及整形外科。

医院应用各种最先进的治疗设备，进行对病人损伤小疗效好的癌症治疗。以脑肿瘤为主，年伽玛刀治疗病例数约达500例。应用能更精确开展手术的达芬奇机器人辅助外科手术系统的切除术目前主要用于前列腺癌和肾癌手术，预定今后还将用于肺癌手术。应用内镜下切除术(EMR、ESD)治疗消化道肿瘤的病例数众多。对肝癌采用动脉栓塞术和频射消融术进行血管内介入治疗。对各种癌症的放疗采用对正常组织损伤小的强度调制放疗(适形调强放疗)(IMRT)。

心脏病中心为患者提供国际上先进的医疗服务，积极开展应用微导管的微创治疗，诸如对主动脉瘤的最先进的血管腔内支架植入术、瓣膜置换术等。医院利用辅助人工心脏开展的重症心力衰竭治疗对国内外心血管病防治起到了重要作用。

医院院从1991年开始开展活体肝移植，活体肝移植病例数已逾100例。年肾移植100~150例，治疗成绩居世界前列。

整形外科综合治疗身体表面的各种畸形和功能障碍，不仅能使烫伤烧伤创面愈合后留下的疤痕最小，还能恢复因疤痕和挛缩引起的功能障碍。