庆应义塾大学医院设有29个诊疗科室和17个中央诊疗部门。外来患者数累计797263人次，平均日接待外来患者2964人。而住院患者数累计289090人，平均日住院人数792人。全院共计实施手术数14373件。

2009年，世界第一例心脏畸形患儿的活体肝移植手术在该院获得首次成功。2013年，世界首例听力障碍耳内细胞再生手术也在该院获得成功。

该院最大的特征在于拥有以研发微创癌症治疗新技术和设备为目的的微创疗法研发部门，并已成功开发了多项新治疗方法和器械，积累了丰富的经验。在消化系统肿瘤的治疗领域，只要没有淋巴结转移，无论肿瘤的大小和位置如何均能用微创手术治疗。矢作直久主任是著名的ESD术开发人员之一，拥有十多年的临床经验和骄人的业绩