在肺和肝脏中，肿瘤本身因呼吸效应而移动。医院通过用激光跟踪腹部表面的运动来监测呼吸状态，并根据呼气(当呼出时)将癌症移动到目标位置时，伏击照射出质子束。

国立癌症中心东医院在质子治疗技术上不断探索，已经成功开发了一种能够高精度探测到正电子发射核的位置和数量(安装在质子旋转机架端口梁ON-LINE PET系统：BOLPs-RGP)的使质子束可视化的装置。通过使用该装置，对日常患者进行质子束照射，从而实现高度准确的质子束治疗。目前该院的这个装置是世界上唯一一台高精准质子治疗设备，受到国内外的广泛关注。