筑波大学自1983年起就开始进行质子治疗的临床研究，是日本国内质子治疗历史最长，拥有丰富治疗经验的医院。尤其在全球率先开始对肝癌等发生于体内深处的癌症采用质子线治疗，其质子线治疗法现已作为国际标准获得医学界的高度评价。

质子治疗的特点是利用质子束，只照射病灶部位，不损伤周围正常细胞，副作用也相对较轻。因为能减少对身体的损伤和负担，对于有心脏病等其他一些并发症的老人和体力不佳的患者，可以说是非常有效的治疗方法。此外，对于儿童和年轻患者来说，质子治疗对于生长发育的影响较低，第二原发癌的预防也是有效的。

与传统放射线相比，质子线治疗对正常组织的影响小，从而能减少副作用，但并不能说完全没有副作用，诸如有些患者受到照射部位的皮肤可能会出现如被日晒般的症状。

治疗后的副作用也因病灶部位和质子线照射角度而各种各样。治疗时，专科医生会给患者详细说明，患者应在充分了解后接受治疗。

中心设立于筑波大学附属医院内，因此紧密连接内科外科等各个领域的专业医生和医护人员，从而可以协同各科团队，为患者提供综合性的最适合的治疗方案这一大优势。即使病种相同，也必须根据每个患者的病症、年龄、身体条件、甚至是患者自身对于治疗的想法，进行身心结合的治疗，给患者提供最佳的治疗方案。